Το σχολείο ξεκίνησε τη λειτουργία του το 1961 με την ίδρυση του Ιδιωτικού Γυμνασίου Καναλλακίου. Το Γυμνάσιο στεγάστηκε στα κτίρια που είχαν χτιστεί για χρήση από το προσωπικό της αγγλικής εταιρείας Boot, που είχε αναλάβει το αντιπλημμυρικό – αποξηραντικό έργο της περιοχής Φαναρίου (Αχερουσίας λίμνης).
Στο πρώτο χρόνο λειτουργίας (Σχολ. Έτος 1961-62) φοιτούσαν σε αυτό 124 μαθητές (95 αγόρια και 29 κορίτσια ) σε τρεις τάξεις και τέσσερα τμήματα και υπηρετούσαν σε αυτό 4 εκπαιδευτικοί. Με αυξητικό ρυθμό οι μαθητές τον πέμπτο χρόνο λειτουργίας (Σχολ. Έτος 1965-66) έγιναν 355 μαθητές (248 αγόρια και 107 κορίτσια ) και 7 οι εκπαιδευτικοί που υπηρετούσαν σε αυτό. Σημαντικό ρόλο μετά την έναρξη λειτουργίας του Ιδιωτικού Γυμνασίου Καναλλακίου έπαιξε το εκπαιδευτικό προσωπικό που το αποτελούσαν οι Πάντος Ιωάννης (αποχώρησε πριν τη λήξη του σχολικού έτους), Μπρίκου Ευρίκλεια, Μπαλάση Αικατερίνη (πρόσληψη κατά τη διάρκεια του σχολικού έτους), Σιδέρης Πολυχρόνης  και ο πρώτος Διευθυντής του Γιώργος Δημογιάννης. Οι μαθητές στην πλειοψηφία τους κατοικούν στα χωριά της περιοχής Φαναρίου και διανύουν απόσταση 3 έως 15 χιλιομέτρων για να φτάσουν στο σχολείο τους.
Θα ήταν ίσως κοινός τόπος, ή ίσως και πλεονασμός, το να επιχειρήσει να καταγράψει κάποιος το ιστορικό ενός σχολείου Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, που έχει 60 χρόνια ζωής, μιας τυπικής επαρχιακής κωμόπολης, στην ίδρυση δε του σχολείου, χωριού.

Πολλά όμως, πάρα πολλά(χρόνια), για το σχολείο μας, όχι ως προς την ποσότητα, όσο για την προσφορά την εποχή της ίδρυσής του, έως σήμερα.
Για να γίνει κατανοητό αυτό θα πρέπει να ανατρέξουμε στα χρόνια, μετά τον Β΄ Παγκόσμιο πόλεμο και τον Εμφύλιο, να προσεγγίσουμε την διάταξη του κοινωνικού ιστού σε σχέση με το ανάγλυφο της περιοχής, την επικοινωνία με τον «έξω κόσμο», τα νέα ρεύματα της επιστήμης και της τεχνολογίας.
Εάν σε άλλες αστικές ή επαρχιακές περιοχές, τα αποτελέσματα του Β΄Παγκοσμίου πολέμου και του εμφυλίου, σταμάτησαν, στον δικό μας γεωγραφικό χώρο εξακολουθούν να αφήνουν το στίγμα τους. Η απομόνωση, λόγω του γεωγραφικού αναγλύφου επιτείνουν τα προβλήματα μιας «κλειστής» τοπικής κοινωνίας η οποία έχει να αντιπαλέψει και τα στοιχεία της φύσεως. Το έλος της Αχερουσίας λίμνης και τα συνοδά του προβλήματα, ενισχύουν την απομόνωση της περιοχής, η οποία έχει ως ισχυρά κοινωνικά, εμπορικά και πνευματικά κέντρα τις πόλεις των «Π». Την Πρέβεζα, την Πάργα, την Παραμυθιά στις οποίες λειτουργούν, πέραν των σχολαρχείων και των Δημοτικών σχολείων, Γυμνάσια.
Εκεί καταφεύγουν όσοι νέοι, από την περιοχή έχουν την οικονομική ευμάρεια, προκειμένου να «σπουδάσουν», έχοντας να αντιμετωπίσουν την πενία τους, την αποξένωση και εν πολλοίς τον κοινωνικό ρατσισμό.
Η αναφορά αυτή γίνεται για να κατανοηθεί βαθύτερα τι σήμαινε για την περιοχή η ίδρυση Γυμνασίου.
Ο μόνος αμαξιτός δρόμος που ένωνε την περιοχή με τον έξω κόσμο, ήταν αυτός που συνέδεε το Καναλάκι με την Πρέβεζα, ο οποίος κατασκευάστηκε το 1938.
Σ’ αυτό το «ζοφερό» περιβάλλον αρχές της δεκαετίας του 1950, εγκαθίσταται η Αγγλική εταιρεία Boot, η οποία αναλαμβάνει την αποστράγγιση τμήματος του έλους και την κατασκευή των πρώτων εγγειοβελτιωτικών έργων. Μικρό το δυναμικό της, τεράστιο το έργο που άφησε.
Οι εγκαταστάσεις της , πέτρινα, εκπληκτικής βιομηχανικής αρχιτεκτονικής, κτίρια κατασκευάζονται στο Καναλάκι.(Από το κτίρια αυτά διασώζεται μόνο ένα, αυτοτελές, στο οποίο στεγάζεται το Εργαστήριο Τεχνολογίας του Σχολείου και το Γραφείο Σχολικού Επαγγελματικού Προσανατολισμού.)
Ο μηχανολογικός της εξοπλισμός και το εξειδικευμένο ανθρώπινο δυναμικό που έρχεται στην περιοχή δίνουν, θα έλεγε κανείς, στοιχεία μιας ιδιότυπης βιομηχανικής επανάστασης.
Το γηγενές εργατικό δυναμικό που χρησιμοποιείται και τα χρήματα που εισρέουν, δίνουν ώθηση στον εμπορικό τομέα και στις καλλιέργειες.
Σ’ αυτό το περιβάλλον, φωτισμένοι άνθρωποι στο Καναλάκι, συλλαμβάνουν την ιδέα της δημιουργίας Γυμνασίου στην περιοχή.
Κάποιοι μίλησαν και ονόμασαν την κίνησή τους εκπαιδευτική μεταρρύθμιση της περιοχής. Εγώ θα την έλεγα εκπαιδευτική επανάσταση.
Είχαν να αντιμετωπίσουν την «βαρηκοΐα» της πολιτείας, η οποία επιτείνονταν από τις «παρεμβολές» των τριών πόλων, των τριών «Π»,που προαναφέραμε, για «ευεξήγητους» λόγους και τα προσκόμματα της γραφειοκρατίας.
«Εκεί που η θέληση θάλλει, πυρώνεται το σίδερο, να πάρει μορφή.»
Υπέρτερη η θέληση, των εμποδίων.
ο 1958 συγκροτείται ο Φιλεκπαιδευτικός Σύλλογος Φαναρίου, ο οποίος σε συνεργασία με την τότε κοινότητα Καναλακίου, κατορθώνει, περί κατορθώματος πρόκειται, να ιδρύσει το 1960 το Ιδιωτικό Γυμνάσιο Καναλακίου, να εξασφαλίσει τις στεγαστικές προϋποθέσεις για να εκδοθεί η άδεια λειτουργίας του, να εγγυηθεί την οικονομική επάρκεια για πέντε χρόνια και να πετύχει την ένταξή του στην κρατική δημόσια εκπαίδευση το 1966.
Έτσι ο Φιλεκπαιδευτικός Σύλλογος Φαναρίου με την ίδρυση του Ιδιωτικού Γυμνασίου Καναλακίου κάλυψε την αδυναμία της πολιτείας, την δεκαετία του ‘60 να ιδρύσει Γυμνάσιο στην περιοχή Φαναρίου, ικανοποιώντας τις ανάγκες της κοινωνίας για «πρόοδο και προκοπή».
Η παράθεση των στοιχείων αυτών, δεν μπορεί να αποδώσει το κλίμα, ούτε τις αγκυλώσεις, ούτε και το τεράστιο έργο που επιτέλεσε ο Φ.Σ.Φ..  «Τιμής ένεκεν» θα πρέπει να μνημονεύσουμε τους:

  1. Εθυμίου Γεώργιο, πρόεδρο της Κοινότητας,
  2. Γάκη Ιωάννη και Ματσαϊδώνη Αναστάσιο, κοινοτικούς συμβούλους,
  3. Λιόλιο Γεώργιο και Παππά Ευάγγελο, κατοίκους Καναλακίου, οι οποίοι εξουσιοδοτήθηκαν από την Γενική Συνέλευση των ιδρυτικών μελών, που πραγματοποιήθηκε στις 29 Ιουνίου 1958, να υποβάλλουν το καταστατικό του Συλλόγου, στο Πρωτοδικείο Πρέβεζας, για έγκριση, ως μέλη της Διοικούσας Επιτροπής του Φ.Σ.Φ.
  4. Παππά Θωμά, πρόεδρο του Φ.Σ.Φ.,
  5. Ιωάννου Γεώργιο, Γραμματέα,
  6. Γάκη Ιωάννη, Ταμία, 

οι οποίοι αποτελούν το προεδρείο του Φ.Σ.Φ. που δραστηριοποιείται μετά το 1959 και σε όλη την διάρκεια της λειτουργίας του Γυμνασίου, ως ιδιωτικού(1961-1966). Αποδελτιώνοντας από το αρχειακό υλικό του Σχολείου, το μεγαλύτερο μέρος του οποίου βρίσκεται στο Γενικό Λύκειο Καναλακίου, οι φάσεις λειτουργίας του, έχουν ως εξής:
α. 1960-61: Ιδιωτικό Τριτάξιο Γυμνάσιο «δυνάμει της υπ’ αριθμ.117759/14-10-1960 Υπουργικής αποφάσεως, δημοσιευθείσης εις το υπ’αριθμ. 215/21-10-1961,τ΄Γ΄ Φ.Ε.Κ. Ιδρυτής και ιδιοκτήτης τούτο εγένετο ο Φιλεκπαιδευτικός Σύλλογος Φαναρίου, προς τον σκοπόν της προαγωγής της λίαν χαμηλής πολιτιστικής στάθμης της περιοχής του Αχέροντος ποταμού. Το ιδιωτικόν τούτο Σχολείον συνετηρείτο δια των εισφορών των γονέων και κηδεμόνων των μαθητών.Τας εισπράξεις των εισφορών ως και τας πάσης φύσεως πληρωμάς δια την συντήρησιν του Σχολείου ενήργει ο, ως άνω Σύλλογος».
β. Σχολ.Έτος 1962-63. «Δια της προσθήκης μιάς τάξεως ελειτούργησεν ως ιδιωτικόν τετρατάξιον δυνάμει της υπ’ αριθμ. 46847/4-6-1962 Υπουργικής αποφάσεως δημοσιευθείσης εις το υπ’αριθμ. 129/19-5-1962, τ΄Γ, Φ.Ε.Κ».
γ. Σχολ. Έτος 1963-64. «Ελειτούργησεν ως ιδιωτικόν πεντατάξιον δια της προσθήκς μιάς εισέτι τάξεως δυνάμει της υπ’ αριθμ. 93461/16-9-63 Υπουργικής αποφάσεως, δημοσιευθείσης εις το υπ’αριθμ. 241/10-9-1963,τ΄Γ.,Φ.Ε.Κ.»
δ. Σχολ. Έτος 1964-65: «Ελειτούργησεν ως τριτάξιον ιδιωτικόν Γυμνάσιον και τριτάξιον Ιδιωτικόν Λύκειον, δυνάμει της υπάριθμ. 3045/15-2-1965, Υπουργικής αποφάσεως, δημοσιευθείσης εις το υπ’αριθμ. 147/26-2-1965, τ.Β΄,Φ.Ε.Κ.» (Μεταρρύθμιση Γ. Παπανδρέου)
ε. 22-2-1966. «Ελειτούργησεν ως τριτάξιον Στεγαστικόν Παράρτημα του Γυμνασίου Πρεβέζης και ως τριτάξιον Στεγαστικόν Παράρτημα του Λυκείου Πρεβέζης, δυνάμει της υπ’ αριθμ. 766/19-2-1966 Δ/γής του Γενικού Επιθεωρητού Μ.Ε. της ΛΖ΄Εκπαιδευτικής Περιφερείας».
στ. 29-9-1967 «Εγένετο ενοποίησις του τριταξίου Γυμνασίου και Λυκείου, δυνάμει της υπ’ αριθμ. 136978/28-9-1967 αποφάσεως του Υπουργείου Παιδείας»
ζ. Λαμπρή ημέρα. Επί τέλους: « Ανακοινούμεν υμίν ότι δια Β.Δ. τη 10η Ιουλίου 1972, εκδοθέντος και αυθημερόν καταχωρισθέντος εις το υπ’ αριθμ. 114(τεύχος Α΄) Φ.Ε.Κ. ιδρύεται το μικτόν εξατάξιον Γυμνάσιον Καναλακίου Πρεβέζης. Το ως άνω Γυμνάσιον θέλει λειτουργήσει από του σχολ. Έτους 1972-73».
Το σχολείο στεγάζεται στα κτιριακά συγκροτήματα της εταιρείας Boot.Θα πρέπει να μνημονευθεί ιδιαίτερα η συμβολή του Παρίση Πουκαμισά, με καταγωγή από τις Σέρρες, που είχε εργαστεί ως μηχανικός-διευθυντής στα έργα της Boot, ο οποίος αργότερα, ως Νομομηχανικός-επιθεωρητής των έργων Ηπείρου, μεσολάβησε για να παραχωρηθούν τα κτίρια της εταιρείας στον Φ.Σ.Φ., για την στέγαση του Γυμνασίου.
η. Σχολ. Έτος 1976-77. Διαχωρίζεται η λειτουργία του εξαταξίου Γυμνασίου, σε Γυμνάσιο και Λύκειο(Μεταρρύθμιση Γ. Ράλλη).
Παράλληλα, στον ίδιο χώρο κατεδαφίζονται τα πέτρινα συγκροτήματα(τμήμα των οποίων είχε καταστραφεί από πυρκαγιά) και ανεγείρεται το νέο διδακτήριο που στεγάζει, έκτοτε, και το Γυμνάσιο και το Λύκειο(στο οποίο Λύκειο φυλάσσεται πλέον το αρχείο του παλαιού εξαταξίου Γυμνασίου).
Η αναφορά αυτή, στο μικρό ιστορικό, αδυνατεί να αποδώσει τον αγώνα και την αγωνία εκείνων των πρωτοπόρων, που ενήργησαν έτσι, ώστε η περιοχή, όχι μόνο πνευματικά να βγει από την αφάνεια, αλλά και να σταθεί επάξια πλέον, των υπολοίπων «ανεπτυγμένων περιοχών».
Την εργώδη και αγωνιώδη αυτή προσπάθεια, καθώς και πλούσιο φωτογραφικό υλικό, σε συνδυασμό με παράθεση εγγράφων μπορεί να βρει, ο αναγνώστης και ο ερευνητής, στο εξαιρετικό βιβλίο, το οποίο επιμελήθηκε ο Δ/ντής του Γεν. Λυκείου Καναλακίου κ. Ζάκας Γρηγόριος, ο οποίος διέθεσε ευγενικά το υλικό, με τίτλο «ΙΔΙΩΤΙΚΟ ΓΥΜΝΑΣΙΟ ΚΑΝΑΛΑΚΙΟΥ.ΠΕΝΗΝΤΑ ΧΡΟΝΙΑ ΑΠΟ ΤΗΝ ΙΔΡΥΣΗ ΤΟΥ», επ’ ευκαιρία του εορτασμού του Ιωβηλαίου του Σχολείου.